nature-ref-verifier

interface:
  display_name: "Nature Reference Verifier"
  short_description: "Verify scholarly references across independent sources"
  default_prompt: "Use $nature-ref-verifier to verify every field of these references across independent scholarly sources."

name: nature-ref-verifier
version: 1.0.1
description: >
  Declarative manifest for the multi-source reference verification workflow.
  SKILL.md carries the core DOI/title/source-check procedure; pattern libraries
  are loaded only when the user needs batch diagnosis, severity examples, or
  field-specific correction guidance.

# Design note: reference verification can run on a single citation or a full
# bibliography. Keep the default path lightweight and open pattern references
# only for ambiguous or batch cases.

always_load:
  - SKILL.md

references:
  on_demand:
    - condition: diagnosing recurring bibliography errors, field-level mismatch patterns, DOI/title conflicts, author-order anomalies, page-range drift, or batch report wording
      path: references/common-patterns.md

# `nature-ref-verifier` Skill

[中文说明](README.md)

`nature-ref-verifier` performs multi-source cross-verification of references, comparing authors, title, year, volume, issue, pages, DOI, and publication status, then outputs a structured fixable report.

## What To Use It For

- Check an entire manuscript reference list before submission.
- Verify a few citations raised in reviewer comments.
- Clean incorrect metadata in a Zotero / BibTeX library.
- Flag volume-year conflicts, author-order problems, page mismatches, title differences, and wrong DOI targets.
- Verify Chinese references through CNKI or Chinese-language sources for author names, journal names, and pages.

## Typical Requests

- "Check these 50 references one by one and mark the ones that must be fixed."
- "These DOIs may be wrong; find the real titles and page ranges."
- "Turn the incorrect fields in this BibTeX file into patch suggestions."

## What You Need To Provide

- Reference list, single citation, BibTeX, RIS, Zotero item key, or manuscript bibliography page.
- Allowed sources such as Crossref, PubMed, IEEE, CNKI, publisher pages, or Zotero.
- Whether a directly importable correction file is needed.

## Outputs

- Field-level verification table: original value, trusted-source value, difference, and evidence link.
- Severity labels: must fix, check suggested, reference only, or unverifiable.
- Optional BibTeX patch, Zotero update suggestion, or Markdown review report.
- Human-check checklist for uncertain records.

## Boundaries

- A single search result is not treated as final truth; key fields are verified against DOI records, publishers, or authoritative databases.
- DOI year, volume year, and online-publication year conflicts are explained rather than force-merged.
- Inaccessible databases or Chinese sources are marked as unverified.

## Related Skills

- `nature-academic-search`: retrieve paper metadata and citation indicators.
- `nature-citation`: choose candidate citations for manuscript claims.
- `nature-response`: respond to reviewer comments about reference errors.

# `nature-ref-verifier` 技能

[English](README_EN.md)

`nature-ref-verifier` 用于对参考文献逐条执行多源交叉验证，比较作者、题名、年份、卷期、页码、DOI 和出版状态，并输出可修正的结构化报告。

## 适合用它做什么

- 投稿前检查整篇论文参考文献是否准确。
- 针对审稿意见核查某几条引用是否写错。
- 清理 Zotero / BibTeX 库中的错误元数据。
- 标记卷年与 DOI 年冲突、作者顺序异常、页码偏差、题名不一致和 DOI 指向错误。
- 对中文参考文献结合 CNKI 或中文来源核验作者名、刊名和页码。

## 典型请求

- “帮我逐条检查这 50 条参考文献，标出必须修正的。”
- “这几条 DOI 好像不对，帮我查真实题名和页码。”
- “把 BibTeX 里的错误字段整理成 patch 建议。”

## 你需要提供

- 参考文献列表、单条引用、BibTeX、RIS、Zotero item key 或论文参考文献页。
- 允许使用的数据源，例如 Crossref、PubMed、IEEE、CNKI、出版社页面或 Zotero。
- 是否需要生成可直接导入的修正文件。

## 产出

- 字段级核查表：原始值、可信来源值、差异和证据链接。
- 严重程度分级：必须修正、建议核对、仅供参考、无法验证。
- 可选 BibTeX patch、Zotero 更新建议或 Markdown 审查报告。
- 对不确定条目的人工核查清单。

## 边界

- 不会把单一搜索结果当作最终事实；关键字段优先回到 DOI、出版社或权威数据库。
- DOI、卷期和在线发表年份不一致时，会解释冲突而不是强行合并。
- 无法访问的数据库或中文来源会被标注为未验证。

## 相关技能

- `nature-academic-search`：检索论文元数据和引用指标。
- `nature-citation`：为手稿 claim 选择候选引用。
- `nature-response`：回应审稿人关于参考文献错误的意见。

# 参考文献验证常见问题模式

本文档记录了学术参考文献中常见的元数据错误模式，供校验时参考。

## 1. 卷年与 DOI 年不一致

**根因：** DOI 编号中的年份通常是收稿年或稿件编号年，而引用应以期刊卷年为准。

| 模式 | 说明 | 示例 |
|------|------|------|
| DOI 含年 < 卷年 | 稿件编号早于正式出版 | DOI 含 2024，卷为 2025 → 引用 **2025** |
| DOI 含年 > 卷年 | 稿件跨年处理 | DOI 含 2025，实际见刊 2026 → 引用 **2026** |
| 上线年 ≠ 卷年 | 年底上线、次年年卷 | 上线 2024-12-31，卷为 2025 → 引用 **2025** |

**判断规则：** 优先以期刊官方卷年为准；无卷号时以上线年为准。

## 2. 作者名问题

### 2.1 第一作者完全编造

AI 生成引用时最常见的"幻觉"——作者与 DOI 实际作者完全不同，属于最严重错误。

**检测方法：** 通过 DOI 查 CrossRef / IEEE，对比第一作者姓氏。

### 2.2 作者顺序颠倒

数据库导出或手动整理时，可能将非第一作者放到首位。

**检测方法：** 以官方期刊页面的作者顺序为准。

### 2.3 中文作者名形近字混淆

- `廷` ↔ `延`、`健` ↔ `建`、`浩` ↔ `皓` 等形近字容易写错
- 以知网/万方的官方记录为准

### 2.4 西班牙语/葡萄牙语双姓

双姓（父姓+母姓）有多种缩写方式，**都算正确**：
- `Álvarez López Y` = `López Y Á` = `Alvarez Lopez Y`

### 2.5 "等"与完整作者列表

中文引用中用"等"是可以接受的。如果列出全部作者（适合 3-5 人时），应确保顺序与原文一致。

## 3. 页码错误

常发生在以下场景：
- 预印本 vs 正式出版的页码不同
- 会议论文的早期版本 vs 最终版本
- 同一篇论文在期刊和会议录中有不同页码
- 手动录入时串行（如上一行的页码粘到了下一行）

**检测方法：** 以期刊/会议官网为准，不轻信数据库导出。

## 4. DOI 问题

### 4.1 DOI 指向不同论文

DOI 格式正确但指向完全不同的文献——通常是因为编号写错了一位（如 482157→482187）。

**检测方法：** 用 DOI 查 CrossRef，对比返回的标题是否一致。

### 4.2 IEEE 老文献 DOI 404

2000 年以前的 IEEE 论文，DOI 在 Crossref 中常返回 404，但在 IEEE Xplore 中可查。**不应标记为错误**。

### 4.3 中文 DOI 不在 Crossref

中文期刊的 DOI 注册在 CNKI 系统而非 Crossref，API 查询必然返回空。需通过 CNKI/万方验证。

### 4.4 同一论文多个 DOI

预印本、正式出版、OA 版本可能有不同 DOI，优先使用正式出版版本的 DOI。

## 5. 会议论文年份

- 同一篇论文在会议录和期刊特刊中可能有不同页码和年份
- 会议名称可能有多个别名，应以 IEEE/官方名称为准
- 年份取实际开会年份，不是论文集出版年份

## 6. 学位论文

- 2000 年代前的学位论文很多未数字化
- 中文硕士论文引用格式：`作者. 论文名[D]. 学校, 年份.`
- 页码可省略
- 万方数据库的学位论文覆盖率通常高于知网

## 7. 产品手册/技术报告

- 用 `[Z]`（其他文献）标记
- 验证方法：确认产品/机构确实存在、官网可访问
- 年份用参考版本的发布年份

## 8. 出版社名称历史变更

IEE（Institution of Electrical Engineers）在 2006 年与 IEE 合并为 IET（Institution of Engineering and Technology）。2006 年前出版的书籍应标 **IEE**，而非 IET。两个名称都指向同一机构，但引用时应尊重历史名称。

---
name: nature-ref-verifier
description: >-
  对学术文献逐条执行多源交叉验证，逐字段对比作者、标题、年份、卷期、页码，
  标记卷年/DOI年冲突、作者顺序异常、页码偏差等问题，输出结构化验证报告。
  可批量处理整篇论文/开题报告的参考文献列表，也可单条校验，支持与 Zotero 同步修正。
---

# nature-ref-verifier — 学术参考文献多源验证技能

需要处理批量差异、反复出现的字段错误、DOI/标题冲突、作者顺序异常、页码漂移或
报告措辞时，读取 `references/common-patterns.md`。其他任务不要预加载该文件；
`manifest.yaml` 记录了同一按需路由，新增资源时必须同时在本文件中写明加载条件。

## 触发词

`verify references`、`校验文献`、`check references`、`核对参考文献`、`文献验证`、`ref check`

## 适用场景

- 开题报告/论文提交前，对全部参考文献做最终核查
- 收到审稿意见指出引用错误时，精准定位问题
- 从旧项目迁移参考文献到新论文时，批量验证有效性
- Zotero 库定期健康检查

## 工作流

### Step 1: 解析输入

支持三种输入格式：

**A. 整篇论文/开题报告**
- 提取所有 `[N]` 编号的参考文献列表
- 自动识别每条的 DOI（如有）

**B. 单条参考文献**
- 用户直接粘贴一条引用文本
- 或传入 Zotero item key

**C. BibTeX 文件**
- 直接解析 `.bib`，逐条校验

### Step 2: 多源并行查询

**Step 2.0（最便宜、最先做）：DOI 可解析性检查。** 对每条有 DOI 的文献先请求 `https://api.crossref.org/works/<DOI>`：404 → DOI 本身错误（高度疑似错号）；200 → 比对返回记录的标题/作者/卷期页与条目，不一致即"DOI 张冠李戴"。单次请求即可发现实践中最常见的一类错误（一次 35 条核查中 7/9 的错误属于此类）。

对每条文献，并行查询以下来源（可用哪些取决于环境配置）：

| 来源 | 适用文献 | 典型覆盖率 |
|------|---------|-----------|
| **Crossref** | 有 DOI 的外文期刊 | ~70%（IEEE 老文献、中文期刊常有缺失）|
| **IEEE Xplore** | IEEE 期刊/会议 | IEEE DOI 404 时的备选 |
| **WebSearch (Bing/Google)** | 无 DOI 或来源缺失的文献 | 兜底方案 |
| **CNKI/万方** (kimi-datasource / webbridge) | 中文期刊、学位论文 | 中文文献必查 |
| **Zotero 本地库** (zotero-mcp) | 已入库文献 | 快速比对已有数据 |

**查询策略：** 优先用 DOI 查 Crossref，失败后降级用标题+作者搜 Web。

**批量策略：** 超过 20 条时按 10–15 条一组拆给并行子代理，每组独立查询后汇总——35 条规模实测 3 个并行子代理即可在一次往返内完成，串行会慢一个数量级。

### Step 3: 字段级对比

对每条文献执行以下对比矩阵，按严重程度分为三级：

#### 🔴 Critical（必须修正）

| 检查项 | 说明 | 典型案例 |
|--------|------|---------|
| 作者**姓名/顺序**不一致 | 第一作者不同、顺序颠倒、完全编造 | Smogavec→Leckebusch、Vainikainen→Mikhnev |
| 作者**漏人** | 条目作者数少于出版方记录（常见于 5+ 作者文献只录前 3-4 人） | TGRS 2019 PCA 文漏第 5 作者 Ge；TAES 2021 UAV 文漏第 5 作者 Kim |
| **页码**差异 ≥5 | 页码完全不匹配 | Noon: 1309-1319→1444-1449 |
| **文章号字母误判** | 文章号含字母被写成形近数字（T/7、l/1、O/0） | SPIE 101880T 误作 1018807 |
| **标题核心词**不一致 | 非大小写/标点差异 | Iwasaki T→Wu K H、Zhang W→Zhu M H |
| DOI 指向不同论文 | DOI 存在但标题/作者不对应 | Abidi 1995: 10.1109/4.482157→10.1109/4.482187 |
| DOI 张冠李戴 | DOI 可解析但解析到**另一篇**论文（比对标题作者即可发现） | JAG 2017 SVD 文 DOI 指向同卷 ERT 论文；AST 2022 旋翼文 DOI 指向涡轮噪声论文 |

#### 🟡 Warning（建议核对）

| 检查项 | 说明 | 典型案例 |
|--------|------|---------|
| **卷年** ≠ DOI 年 | 卷归属年份与 DOI 编号年不一致 | Dadrass 卷2025/上线2024、Ni 卷2022/DOI含2020 |
| **Early Access 元数据漂移** | IEEE 等期刊 Early Access 转正式出版后卷/期/页/年会变化，**以 CrossRef 现值为准** | TGRS autoencoder 文 59(12):10437-10449,2021 → 60:1-13,2022 |
| 作者**中间名缺失/多余** | "Rabiner L" vs "Rabiner L R" | 一般不影响检索 |
| **期号**缺失 | 脚本有卷无期 | Smogavec 2025: 17→17(10) |
| 页码偏差 ≤4 | 细微差异 | Leckebusch 15-24→15-25 |
| 出版社名写法差异 | "IET" vs "IEE" | 历史名称变更 |

#### 🟢 Info（仅供参考）

| 检查项 | 说明 |
|--------|------|
| 标题大小写不同 | Title Case vs Sentence case |
| 期刊名缩写 vs 全称 | "IEEE Trans. AES" vs "IEEE Transactions on Aerospace and Electronic Systems" |
| 标点/连接词差异 | "and" vs "&" 等 |

### Step 4: 置信度评估

每条文献最终给出一个综合置信度：

| 等级 | 含义 |
|------|------|
| ✅ **Verified** | 多源一致，无需修改 |
| ⚠️ **Check suggested** | 存在 🟡 级差异，需人工判断 |
| ❌ **Needs fix** | 存在 🔴 级差异，必须更正 |
| ❓ **Unverifiable** | 所有来源均无法查到（如内部报告、老旧学位论文）|

### Step 5: 输出报告

支持以下输出格式：

**Markdown 摘要报告：**
```markdown
## 验证结果：56 条文献

- ✅ Verified: 42
- ⚠️ Check suggested: 8
- ❌ Needs fix: 4
- ❓ Unverifiable: 2

### ❌ 必须修正
| # | 问题 | 当前值 | 正确值 | 来源 |
|---|------|--------|--------|------|
| [6] | 作者错误 | Smogavec P | Leckebusch J | Wiley |
| [42] | 作者顺序颠倒 | Vainikainen P… | Mikhnev V A… | IEEE |

### ⚠️ 建议核对
| # | 问题 | 详情 |
|---|------|------|
| [18] | 卷年/DOI年不一致 | 卷年2025，DOI年2024 |
```

**BibTeX Patch：** 直接生成修正后的 `.bib` 文件内容。

**Zotero 更新指令：** 生成修正指令列表，用于批量修正 Zotero 库。注意写入路径的限制（2026 年实测）：

- **Zotero 7 本地 HTTP API（localhost:23119）只读**——写操作返回 501，zotero-mcp 类集成不稳定多源于此层包装或 Zotero 繁忙，直连 curl 加 `--max-time` 探测即可判断；
- **批量写入首选 pyzotero Web 模式**（需 userID + API key，全功能 CRUD，自带 429 退避）；
- 无 key 时可用本地 `/connector/saveItems` 端点**新增**条目（不能改已有条目）；
- 直接改 `zotero.sqlite` 仅在 Zotero 关闭后可行，且需手工维护多表关联与版本号，**仅作最后手段**；
- 修正前先确认条目在库：按标题检索为空则说明 bib 另有来源（如文献管理 CSV），Zotero 侧无需修正。

## 多来源交叉验证策略

```text
                   ┌─────────────┐
                   │  用户输入    │
                   │  DOI/标题   │
                   └──────┬──────┘
                          │
                          ▼
                   ┌─────────────┐
                   │  字段拆分    │
                   │ author/title │
                   │ year/vol/pg │
                   └──────┬──────┘
                          │
           ┌──────────────┼──────────────┐
           ▼              ▼              ▼
    ┌──────────┐   ┌──────────┐   ┌──────────┐
    │ CrossRef │   │  IEEE   │   │ WebSearch│
    │  (DOI)  │   │ Xplore  │   │ (Bing/GG)│
    └────┬─────┘   └────┬─────┘   └────┬─────┘
         │              │              │
         ▼              ▼              ▼
    ┌──────────────────────────────────────┐
    │       字段级对比 + 差异评级          │
    │  author / title / year / vol / issue │
    │       pages / DOI / journal          │
    └────────────────┬─────────────────────┘
                     │
                     ▼
            ┌────────────────┐
            │  置信度评估     │
            │ ✅ ⚠️ ❌ ❓    │
            └────────────────┘
```

## 已知局限与应对

| 局限 | 应对 |
|------|------|
| **中文 DOI 不在 Crossref 中** | 降级到 CNKI/万方（通过 webbridge 或 WebSearch）|
| **IEEE 老文献 DOI 返回 404** | 用 IEEE Xplore 直接搜（其 DOI 不在 Crossref 注册）|
| **学位论文无 DOI** | 用 CNKI / 万方 / ProQuest 验证标题+作者+年份 |
| **产品手册/专利** | 不验证元数据，只确认来源可访问 |
| **谷歌学术搜不到部分文献** | 切换搜索引擎（Bing、百度学术、Semantic Scholar）|

## 环境依赖

以下工具为可选，有则启用、无则降级：

- `pyzotero[cli]`：推荐的 Zotero 读写通道（本地只读 + Web 读写双模式，CLI 可直接被 agent 以 Bash 调用，无常驻进程）
- `zotero-cli` / `zotero-mcp`：Zotero 库读写（本地包装层，实测稳定性较差）
- `kimi-datasource`（scholar）：学术搜索
- `kimi-webbridge`：带登录态的 CNKI 查询
- 基础 WebSearch / FetchURL：通用兜底